Загрузочный CD - это аварийка вида "загрузись с него на любом компе и юзай". А программа - это здоровый пакет, который ставится на компутеры и серверы, и умеет бэкап по расписанию, удалённое администрирование заданий бэкапа/рестора, бэкап "на лету" без перезагрузки компьютера и много чего ещё. В том числе и создавать вышеописанный загрузочный CD.

Если тебе разок винт передрать и всё - тебе CD хватит. А если ты часто диски клонируешь или тебе нужно сделать backup-структуру в рамках компании, тебе нужна вся прога.